Yesung menjadi member Super Junior keempat yang menjalani wajib militer setelah Kangin, Heechul, dan Leeteuk. Pada 6 Mei 2013, Yesung masuk militer tanpa berpamitan meski ratusan fans dari berbagai negara rela berpanas-panasan hadir untuk mengantar sang idola untuk masuk militer.

Masuknya Yesung secara diam-diam ke militer ini pun tentunya membuat para fans bangga dan bersedih. Untuk mengobati rasa kecewa fans, Yesung pun langsung menuliskan surat tulisan tangannya untuk meminta maaf dan meminta mereka untuk menunggunya.

Yesung bertugas di Divisi 35 Jeonbuk, Jeonju.