Masjid Paju terletak di dekat sungai Injin, perbatasan antara Seoul dan kota Kaesong Korea Utara. Kota ini merupakan sebuah kompleks teknologi tercanggih di Korea yang dikembangkan di dalam kota. Masjid tersebut juga dikelola oleh Korea Muslim Federation (KMF), yang tentunya sebagai pusat dakwah.