Nama kota ini seperti kebalikan dari Alaska, tapi sebetulnya Unalaska merupakan nama sebuah kota yang terletak di Pulau Unalaska, yang masih merupakan bagian dari Alaska. Kota ini diberi nama oleh orang-orang Aluet, penduduk pertama daerah ini. Mereka menyebutnya Ounalashka, yang dalam bahasa mereka berarti dekat semenanjung. Pelabuhan di Unalaska pernah ditampilkan di sebuah acara yang terkenal, The Deadliest Catch.